Eva Joly a proposé parmi les mesures de son Pacte pour l’égalité d’accorder un jour férié aux juifs et aux musulmans afin que « chaque religion ait un égal traitement dans l’espace public », reprenant une mesure qui avait fait l’unanimité au sein de la commission Stasi en 2003. M. Laurent Wauquiez, ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, s’en est pris à la conception de la laïcité de la candidate des écologistes.
Le ministre a répété, comme il l’avait dit en mars 2011 lors du débat sur la laïcité, que « notre pays a des racines qui sont des racines chrétiennes, chacun doit pouvoir y trouver sa place ». Laurent Wauquiez a une conception singulière de la laïcité, qui exclut de notre histoire commune le Judaïsme et l’Islam, et qui réduit l’histoire de France à ses racines chrétiennes. Eva Joly souhaite que la République marie laïcité et égalité et traite avec la même dignité l’ensemble des citoyens et leurs pratiques spirituelles.